阜阳市第二人民医院始建于1972年，前身为阜阳行署传染病医院，1997年在全国专科医院中首家按照综合医院标准通过二级甲等综合医院评审。2011年初在全省首家通过三级甲等传染病专科医院评审，正式成为以“强专科、大综合”为特色的三级甲等医院。同时，也是安徽医科大学阜阳临床学院，蚌埠医学院教学医院，多项诊疗技术居阜阳市领先水平，是皖西北地区医疗、预防、教学、研究中心之一，医疗服务范围辐射周边省、市地区。年门急诊总量达40余万人次，住院病人达4万余人次。

 全院占地面积6.07万平方米， 建筑面积为8.79万平方米， 是阜阳市规模较大的医院之一，拥有固定资产3.6亿元，在职职工1473 人，其中高中级专业技术人员650人，编制床位 1800 张，目前实际开放床位1200张。传染病部分 设有感染一科、感染二科、感染三科、感染病 ICU 、应急病区、结核病科、肝病一科、肝病二科、肝病三科；内科部分 设有呼吸内科、肾病科、血液净化科、心血管内科、神经内科、内分泌科、消化内科、血液内科、肿瘤内科、干部病房（心血管二科）；外科部分 设有普外科、胸心外科、神经外科、泌尿外科、泌尿男科、血管外科、骨科、妇科、产科、皮肤科；其它临床学科设有儿科、急诊科、重症医学科、耳鼻喉科、口腔科、眼科、高压氧科、麻醉科、手术室； 医技科室 设有 CT 室、磁共振室、放射科、介入诊疗科、超声科、功能检查科、检验科、 PCR 实验室、病理科、系列内镜检查科等 50 个学科，以及中西医结合肝病研究所和健康体检中心。其中 呼吸内科、肝病科为安徽省“十二五”临床医学重点培育专科，肾脏内科为阜阳市临床医学重点学科，血液净化科、骨科、胸心外科、感染科和结核科为阜阳市特色学科。