深圳市中医院始建于 1975年，包含光明院区、福田院区、针灸医院和科教中心「一院四区」，下属机构有深圳市中医药研究所、深圳市国医之窗中医药人才培训中心、深圳市中药制剂中心。医院于1995 年成为全国首批三级甲等中医医院；1998 年成为广州中医药大学首家非直属附属医院；2012年成为广州中医药大学第四临床医学院；2019 年成为南京中医药大学附属深圳医院；2021年入选广东省高水平医院重点建设医院。在国家三级公立医院绩效考核连续两年获得国家监测指标等级 A+，是全国目前唯一通过六级电子病历评审的中医医院。

医院现有职工 2,400 余人，其中卫生技术人员 2,100 余人，高级职称 600 余人，国家、省、市名优中医近 60人。医院医疗设备总值超过 6 亿元，拥有多台科研型 MRI 和 CT 机、数字一体化手术室、3D腹腔镜、四维高端彩超等高精尖医疗设备。目前，医院年门急诊量 200 万余人次，开放床位近 1,000 张，年出院病人 4 万人次。医院是华南区中医肝病诊疗中心联盟、深圳市中医医疗联盟、深圳治未病联盟、深圳市中医男科医疗技术专业联盟、粤港澳大湾区中医药临床传承创新研究中心抗痛风联盟、深圳市中医护理区域联盟牵头单位。

医院重视中医内涵建设，已形成国家、省、市重点专科梯队，现有卫健委国家临床重点专科 2 个（肝病科、肾病科）；国家中医药重点学科 2个（中医肝胆病学、中医肾病学）；国家中医重点专科 3 个（肝病科、肾病科、针灸科），国家中医重点专科建设单位 3个（脾胃专科、内分泌专科、神志专科）；省高水平临床重点专科 5 个；省中医名科 4 个；省中医重点专科 19 个；深圳市医学重点学科 1个；市中医重点专科 25 个。

医院坚持「科教兴院」战略，拥有国家中医药管理局中医药科研三级实验室——临床细胞分子生物学实验室、国家药物临床试验机构（获认定 8个专业）、国家医疗器械临床试验机构（备案 36个专业）、中华中医药学会临床药师培训基地、深圳市民生重点实验室——针灸现代应用研究实验室、深圳市中药制剂研究重点实验室、3个深圳市医学创新平台建设项目，入选国家中医药传承创新工程重点中医医院，获批成为区域中医诊疗中心（肝病）建设单位、粤港澳大湾区中医药临床传承创新研究中心。在研课题160 余项，医院牵头承担「十一五」、「十二五」、「十三五」科技重大专项各 1 项；国家自然科学基金科研课题 30余项，获得国家、省、市科技进步奖 30余项。医院先后成为广州中医药大学博士后科研流动站研究基地，广东省和深圳市「博士后创新实践基地」、「广东省联合培养研究生示范基地」、国家「博士后科研工作站」、国家住院医师规范化培训基地，广东省和深圳市中医专科护士培训基地，现有29 位博士生导师、122 位硕士生导师，有 36 个临床教研室，已形成博士、硕士、本科多层次的教学体系。

医院重视加强中医药文化建设，开展中医「固本强基」工程，培养铁杆中医，树立"心中有爱，服务有情"的服务理念和"大医精诚，悬壶济世"的医德观，形成和谐的工作氛围，医院先后被授予「国家示范中医院」、「广东省示范中医院」、「广东省百家文明医院」、「广东省文明中医院」、「广东中医药强省项目中医名院」、「全国中医医院中医药文化建设示范单位」及「全国卫生文化先进单位」、「全国中医药系统创先争优先进集体」、「全国模范职工之家」、「广东省五一劳动奖状」、「广东省先进集体」、全国医院多维管理工具示范单位和品管圈培训基地等称号。多次在广东省组织的医院满意度和医德医风测评中名列前茅，被媒体誉为「医德医风好，医疗质量高，医疗费用相对低廉，是市民信得过医院」。