东莞市水乡中心医院始建于1955年，院址的前身是解放前麻二村的一所小学学校。由于当时麻涌地区缺医少药，政府决定将其改建为医院，称东莞县人民医院。建院初期有工作人员23人，设简易病床10张。1958年改称麻涌乡中心医院，工作人员40人，建筑面积600平方米。至1988年医院的建筑面积为4200平方米。医疗设备有50毫安、200毫安X光机各一台，手术无影灯，显微镜等，全院有工作人员80人，其中卫生技术人员70人，行政后勤人员10人。 
1965年，我院配置了救护船（取名“为群”船）,危重病人转送到广州市中山一院、广州儿童医院及东莞市人民医院等，均使用救护船。至1988年麻涌镇建有公路后改用救护车接送病人。 
随着改革开放的不断深入，麻涌镇的经济日益好转，镇委、镇政府重视医疗卫生工作，于1996年筹建新医院，1997年4月动工，1998年12月18日，占地面积37亩，建筑面积12800平方米的新医院落成并正式乔迁启用。并于2018年8月归属市卫生健康局管理，2019年8月更名为东莞市水乡中心医院。 
新医院启用至今已将有20年了，现有工作人员400人，专业技术人员300多人，开放病床280张，病床使用率80%或以上。开设住院病区7个,内科一区、内科二区、妇产科、外科、外二科、外三科。门诊部设有急诊室、内科、儿科、中医科、理疗科、妇产科、骨科、外科、口腔科、五官科、手外科、皮肤科、胃肠科等。拥有西门子二排CT、电子胃镜、彩色B超、全自动生化分析仪、24小时动态心电图、多功能进口麻醉机等设备。截止2018年底，我院业务总收入达1.3亿元。 
我院医疗技术得到了快速发展，目前能开展各类大中型手术，如肝胆道疾病手术，还有颅脑外伤手术，各种骨科内固定、整形手术，断指再植术以及妇产科的全、次宫切除术、剖宫产术等。内科在抢救急性心肌梗塞、急性肾功能衰竭、脑出血、重症肺炎并心衰等危重病方面积累了丰富的经验，抢救成功率高。门急诊对各类抢救经验丰富，成功率较高。