深圳市南山区慢性病防治院是南山区政府批准设立的属于公共卫生范畴的慢性病防治专业机构，具有防治结合特色，主要承担全区的慢性传染性疾病（肺结核病、性病、麻风病）和慢性非传染性疾病（高血压、糖尿病、恶性肿瘤、脑卒中、口腔疾病和意外伤害）以及精神疾病的预防与控制、发现、诊治、管理、疫情及健康相关因素监测、实验室检测、健康教育与健康促进、技术指导与医学应用研究等工作，集疾病预防与控制、医疗、科研、教学为一体的慢性病预防和控制中心。
2004年建院以来，始终坚持“关爱生命、维护健康、诚信务实、创新奉献”的服务宗旨，积极开展各项防治工作，着力发展特色专科，本院现设有5个防治科室：结核病防治科、慢性非传染性疾病防治科、皮肤性病防治科、精神卫生防治科、健康教育科；4个特色专科门诊：肺科门诊、口腔门诊、皮肤性病门诊、精神心理健康门诊；还设有检验科和医技放射科。其中结核病防治科和慢性非传染性疾病防治科为区重点学科。
目前全院共有员工150人，本科以上88人，其中博士9人，硕士23人；高级职称25人，其中主任医（技）师7人，副主任医（技）师18人，中级职称50人。