深圳市南山区妇幼保健院位于打响中国改革开放“第一炮”的蛇口，医院前瞰波澜壮阔的深圳湾，背靠风景秀丽的南山，毗邻全国最大口岸之一的深圳湾口岸。医院始建于1986年10月，承担辖区的妇幼健康公共卫生管理职责，是深圳市首家区级三级妇幼保健院。医院以妇幼卫生工作方针为宗旨，历经30多年的发展，已经成为了一所集保健、医疗、科研、教学、培训及技术指导于一体的专业妇幼保健机构。医院建筑面积约3万平方米，编制床位数300张，设有28个业务科室，8个病区。现有员工总数700人，其中卫生专技人员620人，占全院员工总数的88%，博士硕士研究生127人，高级职称102人，中级职称239人。
医院承担着辖区200多万人口的妇幼保健任务，是全区7家医院、79家社康中心和209所托幼机构的妇幼保健技术指导中心和业务培训中心；负责全区免费婚前、孕前医学检查、科学育儿指导、地贫筛查、新生儿疾病筛查、妇女病普查普治、遗传优生咨询，防控艾滋病、梅毒、乙肝母婴传播等优生惠民工程项目和承担市、区级妇幼保健公共卫生项目和承担国家、省级重大妇幼保健公共卫生项目。是国务院妇女儿童工作委员会授牌的“实施中国妇女、儿童发展纲要（2016-2020年）”国家级示范区、全国首家儿童健康管理示范基地、全国宫颈疾病早诊早治示范基地、广东省妇幼健康优质服务示范区、广东省儿童心理卫生保健示范单位、中山大学深圳出生队列研究中心、中山大学公共卫生学院科研教学基地、中山大学公共卫生学院硕士培养点、广东医科大学硕士培养点、上海交通大学附属精神卫生中心合作单位、深圳市乳腺癌筛查与早诊早治项目合作单位、深圳市子宫颈癌防治项目试点单位、南山区儿童智力残疾康复技术指导中心、南山区新生儿危重症会诊救治中心。
拥有先进的医疗设备，包括飞利浦Ingenia1.5T光纤超导磁共振、德国西门子全数字X光胃肠机、美国GE乳腺钼靶机、美国飞利浦高端彩色多普勒超声诊断仪、德国西门子DR摄片机、法国PHENIX盆腹动力评估治疗仪、日本产奥林巴斯高清宫腹腔镜系统、日本日立全自动生化分析仪等大型先进医疗设备50余台（套）。