中国医科大学航空总医院始建于1972年，历经40多年发展，已成为集医疗、教学、科研、预防为一体的三级综合性医院。医院拥有一个总部、三个门诊部和四个社区服务站，医疗服务覆盖近100万人口，已成为北京市规划十大发展区域医疗中心之一的北苑地区医疗中心、联合国和卫生部授予的爱婴医院、中国医院协会授予的“全国百姓放心示范医院”、北京市卫生局授予的“平安医院”、北京市首批社会医疗保险定点医疗机构、全国无烟医院、中央国家机关文明单位、中国医科大学非直属附属医院、北京中医药大学和四川大学华西口腔医学院教学医院。
医院与中科院生物物理研究所共同成立“中国科学院北京转化医学研究院”；与中国医科大学合作，建立中国医科大学北京临床学院；荣获“卫生部首批癌痛规范化治疗示范病房”称号；拥有北京市第五家神经病学会诊中心，是北京市为数不多的几个会诊中心之一；与华西口腔医学院合作，成立“华西口腔医院361分院”；与慕尼黑大学启明湖培训中心合作，成立“航空总医院德国启明湖口腔种植培训中心”和“路德维希马克西米利安-慕尼黑大学口腔种植骨管理系统亚太地区培训中心”；与阜外医院合作，联手成立了“中国医学科学院阜外心血管病医院航空总医院心血管技术培训中心”；是北京地区“中华医学会麻醉学分会疼痛诊疗培训基地”。能开展三级医院的医疗项目，部分已达国内先进水平，2013年初成功完成亚洲首例渐冻人孕妇剖宫产手术。
医院总占地面积约28600平方米，建筑面积73075平方米，南区建设已立项批复将新增医疗用房6万平方米，总计133057平方米。编制床位数1000张，实际开放床位723张。医院拥有医疗技术人员1022人，副主任医师以上职称171人，博士30人，硕士196人。
医院引进著名妇产科专家、博士生导师、中国抗癌协会副理事长、妇科肿瘤学专业委员会副主委、中华医学会肿瘤学专业常委及秘书长，全国“五一劳动奖章”获得者高国兰教授担任院长，聘请中国工程院副院长、第四军医大学原校长樊代明院士为名誉院长。
医院始终把医疗质量和安全放在第一位，下设40个临床、医技科室，专业设置齐全。有现代化的洁净手术部、重症医学科、静脉输液配置中心和大型专业健康管理中心。拥有磁共振（MRI）、320排高端CT、直线加速器及调强治疗配套装置、数字减影式血管造影仪（DSA）、数字化X光机（DR）、进口高端彩色超声诊断仪、大型生化分析仪、腹腔镜、宫腔镜、关节镜、支气管镜、电子胃肠镜、十二指肠镜、胶囊内镜、鼻内窥镜、玻璃切割机、OCT、免散瞳相机、透析机、输尿管镜碎石机及超声碎石系统等多种先进的现代化诊疗设备及楼宇智能自控系统。
妇产科、骨科、神经内科、心内科等为医院重点学科，口腔科、疼痛科、脑脊液病科、罗氏正骨为医院特色专科。依托华西口腔雄厚实力，口腔科已发展成北京地区口腔医疗保健中心之一；通过大力引进学科带头人，医院成立国内首家神经外科脑脊液病中心，开设功能、微创神经外科病区，神经病学科群已形成；医院以人才引进和培养相结合，加强国内、国际合作方式，组建了多学科疼痛医学科，积极创立舒适医疗体系，促进“舒适医学，无痛医院”品牌的形成。
医院以“尚德精术”为院训，“身心护佑 健康同行”为使命，坚持“健康中寻价值，差异中谋发展”的发展战略，坚持以病人为中心，坚持人性化服务，不断优化服务流程，为患者提供高效、便捷的优质服务。通过强强联合，医院不断引进国际先进医疗技术，向着一流的现代化医院目标不断发展。