中山市第二人民医院是中山市应对突发公共卫生事件而设立的一间市属三级综合性医院，是市财政全额拔款单位，副处级建制，核定床位514张，开设有肝病、肺科疾病、皮肤疾病三大特色专科，肩负着全市感染性疾病和皮肤病的预防、治疗、科研和教学任务，医院专业设施完善，技术力量雄厚，医疗设备先进，是中山市肝病、肺科疾病、皮肤疾病的诊疗中心，传染病科是广东省“十三五”重点专科，皮肤科是中山市“十二五”特色专科，检验中心为“广东省二级（市中心）性病实验室”，是中山市性病诊断的权威机构。设有中山市结核病防治所、中山市皮肤病防治所和中山市慢性病防治中心，是中山市结核病、艾滋病诊治的定点医院。医院是广东医学院皮肤性病专业硕士生教学和科研基地，广东省老教授协会医学专家委员会皮肤性病研究会所在地，也是中山大学附属第三医院协作医院，广东药学院教学实习基地。
另设一所南区分院，占地13亩，是由医务人员负责医疗诊治、公安民警负责安全监管，专门收治和承担市劳教所、市看守所、市公安局强制隔离戒毒所、市拘留所羁押病人的治疗任务。另在市劳教所、市看守所、市公安局强制隔离戒毒所、市拘留所四间监管场所设置了门诊部，作为南区分院医疗延伸点，承担监管场所日常医疗卫生工作。南区分院配备了先进的医疗检查、检验设备，标准的消毒供应中心和手术室，还配备了先进的医院信息化管理系统，依托总院的信息平台，分院住院部设病床180张，24小时开诊，提供一站式的门诊入所体检、门诊诊疗、住院治疗服务。